高中生晚11點后上廁所被定重大違紀可能存在不合理的成分。

上廁所是每個人正常生活中的一部分，如果身體需要上廁所，那么這是無可避免的，高中生作為正常的學生，也應當享有上廁所的權利。

晚11點的時間可能過于晚，考慮到很多學校或宿舍的規定，晚間可能會有限制活動的時間，這可能是出于安全、維護等考慮，但不論出于何種原因，限制學生在特定時間上廁所可能違反了基本的生活習慣和日常規律。

對于違紀的判斷，應基于合理的判斷和溝通，不能單方面制定過于嚴苛的規定。

這個問題的解決可能需要學校、學生和相關管理人員之間的溝通和理解，學校應該制定更人性化的規定，尊重學生的基本權利；學生和家長也應該對學校的規定提出合理的反饋；而管理人員也應該以更理性的方式處理類似的問題。